Στον ευρύτερο χώρο του Αγίου Ιωάννη, σε ανασκαφικές έρευνες του 2000, βρέθηκε τμήμα ρωμαικής δεξαμενής και μια σειρά τάφων ενετικής περιόδου των οποίων τα ευρήματα επιβεβαιώνουν την λειτουργία του χώρου ως μοναστηριού. Στον χώρο έχει βρεθεί μολύβδινη σφραγίδα με χαραγμένο το όνομα του Ανδρέα Ρουκάνι, ηγουμένου της Μονής η οποία σήμερα εκτίθεται στο ιστορικό Μουσείο.
Σήμερα ο ναός είναι αφιερωμένος στον Άγιο Ιωάννη τον πρόδρομο και εορτάζεται στις 29 Αυγούστου.