Η Μονή Παλιανής είναι από τις παλαιότερες αν όχι η παλαιότερη μονή στην Κρήτη. Η πρώτη εκκλησία του μοναστικού κέντρου που οικοδομήθηκε εδώ ανήκει στον τύπο της τρίκλιτης παλαιοχριστιανικής, πιθανότατα ξυλόστεγης, βασιλικής, ένας τύπος που κυριαρχεί κατά τα πρώτα χριστιανικά χρόνια (5ος–6ος αι.) στην Κρήτη.

Ένας μικρός ναός αφιερωμένος στον Άγιο Ιωάννη βρίσκεται μέσα στην μονή Παλιανής πάνω σε ψηλό βράχο και σε μικρή απόσταση ΝΔ του καθολικού. Ανήκει και αυτός στον τύπο του μονόχωρου δρομικού καμαροσκέπαστου, του πλέον διαδεδομένου αυτήν την περίοδο.

Στο μοναστήρι λειτουργεί πάνω από 10 χρόνια μουσείο με τα εναπομείναντα ευρύτατα της μονής, τα οποία είναι καθ’ όλα αξιόλογα. Εκτίθενται εικόνες, ιερά κειμήλια και διάφορα βιβλία μεγάλης ιστορικής και αρχαιολογικής αξίας.

Η Παναγία η Οκτώρισσα, ένας ακόμη ναός του τύπου του μονόχωρου δρομικού καμαροσκέπαστου, βρίσκεται σε μικρή απόσταση δυτικά της Μονής Παλιανής και ανήκει στην δικαιοδοσία του μοναστηριού.